Организация, арендующая у физического лица жилое помещение, признается налоговым агентом по НДФЛ. Поэтому при выплате ему дохода в виде платы за пользование помещением должна исчислить и удержать налог.
Помимо платы непосредственно за пользование помещением, организация может оплачивать (возмещать) физическому лицу расходы на коммунальные услуги, которые она потребляет в процессе эксплуатации помещения, но которые ресурсоснабжающим организациям оплачивает физическое лицо.
Уплачиваемая сумма может зависеть, а может и не зависеть от количества фактически потребленных организацией коммунальных услуг (воды, электроэнергии, газа и т.д.).
Если сумма возмещения зависит от фактического потребления коммунальных услуг и производится на основании показаний приборов учета, то дохода, облагаемого НДФЛ, у физического лица не возникает, поскольку в такой ситуации у него не образуется экономической выгоды.
Подробнее: Информационная система 1С:ИТС