Организация может проставить свою печать в любом месте универсального передаточного документа (УПД). Данный факт (как и отсутствие печати) не является нарушением законодательства.
УПД создан на основе счета-фактуры. Но помимо реквизитов, обязательных для счета-фактуры, в УПД "встроена" также информация, которая обычно содержится в первичных учетных документах (например, ТОРГ-12).
Печать в качестве обязательного реквизита счета-фактуры не предусмотрена. Печать организации также не относится и к обязательному реквизиту первичного учетного документа. Значит, ее отсутствие не может быть основанием для отказа в принятии документа к налоговому учету.
Поскольку УПД представляет собой синтез счета-фактуры и первичного учетного документа, проставлять на нем печать для организации также необязательно. Однако это не отменяет право организации воспользоваться печатью (при ее наличии) по собственной инициативе или по просьбе покупателя. В таком случае не имеет значения, в каком месте УПД будет проставлена печать.
Место проставления печати или факт ее отсутствия не являются основанием для привлечения организации к налоговой или иной ответственности.
Подробнее: Информационная система 1С:ИТС