В счетах-фактурах, выставленных покупателю, следует выделять сумму налога в рублях и копейках.
В счете-фактуре продавец указывает сумму налога, предъявляемую покупателю. В соответствии Правилами заполнения счета-фактуры стоимостные показатели счета-фактуры (в т.ч. и в графе 8 "Сумма налога, предъявляемая покупателю") указываются в рублях и копейках (долларах США и центах, евро и евроцентах и т.д.).
А сумма налога исчисляется в рублях. При этом суммы меньше 50 копеек отбрасываются, а сумма больше 50 копеек округляется до рубля.
Правила округления не применяются в отношении сумм НДС, предъявляемых покупателю и указываемых в счетах-фактурах и книгах продаж.
Подробнее: Информационная система 1С:ИТС